Se inspiró en las armas del Archiducado de Austria, que acabarían originando más tarde la actual bandera nacional de Austria, y fue diseñada por el artista prusiano Nicola Marschall en Marion, Alabama.
Esta bandera, sin embargo, tenía sus propios problemas: cuando no había viento se la podía confundir con la bandera de rendición porque el espacio blanco predominaba.
Se usó en batalla desde noviembre de 1861 hasta la derrota final.
Beauregard, entre otros, fue el primero en adoptar esta bandera a partir del diseño de William Porcher Miles (véase más abajo).
El diseño rectangular de Miles fue reducido a una forma cuadrada para facilitar su transporte en batalla.
El diseño fue obra original del congresista de Carolina del Sur William Porcher Miles con la intención de convertirla en bandera nacional, pero fue rechazada por el Gobierno confederado por parecerse demasiado a unos tirantes cruzados.
Hoy es el símbolo más universalmente reconocido del sur de Estados Unidos, donde se la denomina familiarmente la bandera rebelde o Dixie.
La bandera de batalla confederada (la Navy Jack, expuesta más arriba) sigue siendo un símbolo reconocido ampliamente.
Las leyes del Estado prohíben la retirada de su emplazamiento actual sin causa legislativa.
Además, resulta comúnmente empleada como emblema pro-armas, llegando a ser encontrada en gran parte de las armerías estadounidenses.
Esta controversia propició la derrota electoral del gobernador Roy Barnes a favor de Sonny Perdue, el primer gobernador republicano desde la década de 1870.
La omisión no fue descubierta hasta 1993, cuando un abogado contratado por la NAACP dio cuenta del hecho a la Corte Suprema de Misisipi.
Las banderas de Alabama y Florida contienen ambas una cruz diagonal roja, que algunos ven como una representación de la cruz sureña, si bien ambas banderas están inspiradas en la del Imperio Español, debido a la presencia colonial española en estos territorios, especialmente en Florida.