El intendente y el Consejo regional, en tanto, utilizan el estandarte tradicional de los gobiernos regionales, que corresponde a un lienzo azul en 2:3 con el escudo nacional en su parte central, rodeado de un círculo dorado que indica "Ministerio del Interior - Aysén".

[1]​ El pabellón regional originalmente era con fondo azul y el escudo era de color blanco en su parte externa a diferencia del actual dorado.

[2]​ Esta presentó 6 diseños diferentes, que principalmente combinaban los tonos azules, verdes y el blanco.

[3]​ La votación, sin embargo, nunca fue publicada finalmente y no se realizó.

[5]​ Sin embargo, no se ha sabido más información acerca de este proyecto.