Después de que el país pasó a llamarse Unión Estatal de Serbia y Montenegro en febrero de 2003, permaneció en uso como bandera nacional hasta la disolución del país en junio de 2006.

Los pabellones usados por la armada y la marina mercante contaban con unas proporciones diferentes, 2:3.

La bandera izada en los buques de la armada era de color rojo e incorporaba los colores de la bandera nacional en el cuadrante superior más próximo al mástil.

El tricolor sin estrella roja en el centro fue heredado de la bandera de su estado predecesor directo, la República Federativa Socialista de Yugoslavia (1943-1992).

Era similar a las de Países Bajos y Luxemburgo (aunque las posiciones ocupadas por los colores rojo y azul fueron diferentes).