Varios ríos más pequeños, el Matola, el Umbeluzi, y el Tembe (que nacen en las montañas Lebombo), se encuentran hacia la mitad de la bahía, en el estuario de Espíritu Santo, y el río Maputo, que tiene a su cabecera en el Drakensberg, desagua por el extremo sur, como también hace el río Umfusi.

[2]​ Por los fuertes cambios sufridos por la región durante los últimos cinsuenta años, muchas especies de la zona se encuentran amenazadas, en particular los manglares.

En 1823, el capitán (después vicealmirante) W. F. W. Owen de la Marina Real británica, encontrando que los portugueses no ejercían ninguna jurisdicción al sur del establecimiento de Lourenço Marques, celebró tratados de cesión con jefes nativos, levantó la bandera británica y se apropió del territorio al sur del río Inglés; pero cuando visitó la bahía otra vez en 1824 encontró que los portugueses, desatendiendo los tratados británicos, habían concluido otros con los nativos y se habían esforzado (sin éxito) por tomar posesión militar del territorio.

En 1872 la disputa entre Gran Bretaña y Portugal fue presentada al arbitraje del presidente francés Adolphe Thiers.

En 1889 surgió otra disputa entre Portugal y Gran Bretaña a consecuencia de la incautación por los portugueses del ferrocarril que discurre desde la bahía al Transvaal.