Babowai también estaba en conflicto con su rival el metropolita de Nisibis más radicalmente nestoriano llamado Barsauma, lo cual hizo frecuente que Babowai entrara muchas veces en conflicto con los shahs y por esto con sus colegas y subordinados.

[2]​ A raíz del conflicto con Barsauma debido a la cuestión de si los miembros del clero debían o no ser célibes (la segunda postura al parecer era defendida por Babowai, aunque no la de un celibato para todos los clérigos cristianos sino, como en otras iglesias orientales, optativo, mientras que por reacción Barsaumas logró eliminar absolutamente el celibato).

Sin embargo las disidencias entre Babowai y Barsaumas parecen haber tenido causas más primigenias: Babowai parece haber sido más ecuménico y por esto menos subordinado a los monarcas del Imperio persa sasánida.

Cuando Babowai escribió una carta a algunos obispos romanos y bizantinos solicitándoles su influencia ante el emperador romano bizantino Zenón a fin de obtener su intercesión e influencia respecto al shah o rey persa Peroz para evitar las persecuciones, su rival Barsauma de algún modo consiguió interceptar el mensaje, Barsauma presentó este mensaje como un signo de «traición» al shah Peroz, el cual hizo reunir un sínodo en Bet Lapat en el año 484 en el cual ya prejuzgadamente se condenó a Babowai, dado que previamente el emperador persa enfurecido lo condenó a muerte.

Dentro de la carta, Babowai había utilizado un lenguaje imprudente, como "Dios nos ha entregado a un reino maldito."