Un año después, mientras estaba en Moscú, fue nombrado secretario general del Partido Comunista, cargo que desempeñó durante dos años.

Durante su mandato como presidente, la situación en el conflicto de Alto Karabaj empeoró.

Yagub Mammadov fue nombrado presidente interino, asumiendo temporalmente las funciones hasta mayo de 1992, en las que el Consejo Popular Sin embargo, Mammadov renunció al cargo, incapaz de resolver la situación en el país.

[7]​ Al no recibir respuesta, la oposición, con apoyo de las fuerzas armadas, marchó hasta la residencia presidencial y consiguió tomar la ciudad.

Postergaron el ultimátum a las 20:00 horas,[7]​ y esa misma noche, consiguieron llegar al edificio, aunque el expresidente ya no se encontraba en el lugar.

En consecuencia, Mutallibov partió al exilio en Moscú en 1992, mientras que en Azerbaiyán, se abrió una causa penal contra el expresidente.