Aunque las herramientas que contiene el GNU Build System son GPL no existe ninguna restricción para desarrollar software portable no libre con él.
Autoconf se concibe para intentar salvar las diferencias que existen entre distintos tipos de Unix.
Autoconf puede detectar ese problema y busca la forma de solucionarlo.
Este, a su vez, es utilizado por Autoconf para generar el archivo Makefile final.
Libtool ayuda a generar bibliotecas estáticas y dinámicas para varios sistemas operativos Unix.
Las utilidades disponibles en el GNU Build System pueden ser trabajadas juntas o separadas.
Sin embargo, hay algunos sistemas operativos (como la familia de Microsoft Windows) que no pueden ejecutar los scripts del intérprete Bourne por sí mismos.