La Colección de compiladores GNU usa aclocal aunque sus archivos makefile están escritos a mano.
Al igual que Autoconf, Automake puede ser difícil de utilizar porque no es completamente compatible con versiones anteriores.
En los casos simples es suficiente con dar: Con esta información Automake genera un archivo makefile que permite que el usuario pueda: Automake también tiene cuidado de generar la información de dependencias; así como cuándo se ha modificado un archivo fuente.
La siguiente invocación del comando make sabrá qué archivos fuente se van a recompilar.
Automake también puede ayudar en la compilación de bibliotecas generando automáticamente archivos makefile que invocarán la herramienta GNU Libtool.