En su faceta como soldado Athrun demuestra ser un excelente combatiente, durante Gundam Seed y Gundam Seed Destiny demuestra en múltiples ocasiones que es capaz de desarmar o inhabilitar al oponente tanto con armas de fuego como en combate singular desarmado.
Tras Gundam Seed, Athrun adopta el sobrenombre de Alex Dino durante su estancia en Orb.
Tras regresar a PLANT, Athrun descubre que su padre ha acordado un noviazgo para él con la cantante idol Lacus Clyne.
Más tarde Athrun recibe noticias de que su prometida Lacus Clyne esta a bordo del Archangel e indignado apenas puede contener su ira cuando Natarle Badgiruel utiliza el hecho de que se halle a bordo como escudo para el Archangel.
Donde se topa con Cagalli, quien ha logrado hacer un amerizaje de emergencia con el Sky-grasper que pilotaba.
Tras un tenso combate, Athrun inmoviliza a Cagalli y al percatarse de que ella es una chica la maniata.
Días después Athrun descubre que Cagalli es Princesas de la nación neutral Orb.
Allí, incidentalmente encuentra a Kira manteniendo una corta y aséptica conversación, lo que confirma las infundadas sospechas de Athrun.
La emboscada tiene un resultado trágico ya que Dearka Elsman y su GAT-X103 Buster Gundam es capturado por el Archangel, y Nicol Amalfi muere al intentar proteger el mobile suit de Athrun de una ataque del GAT-X105 Strike.
Athrun, fuertemente conmocionado afirma que acabó con su Gundam y por tanto con él.
Sus órdenes son perseguir y recuperar la unidad ZGMF-X10A Freedom Gundam, robada por Kira Yamato con la ayuda de Lacus Clyne.
Athrun eventualmente encuentra a Lacus y evita que sea asesinada.
Allí encuentra al reverendo Malchio, que le comenta acerca de cuando encontró a Kira inconsciente y su posible localización.