El club fue fundado en 1906 en Iquitos por un grupo de muchachos cuyas edades fluctuaban entre los 12 y 19 años.

[1]​ El mismo Meneleo Meza fue elegido como primer presidente del club.

En 1995 fue campeón distrital, provincial y departamental hasta que en la Etapa Regional fue eliminado por La Loretana.

El club mantiene una rivalidad con los clubes CNI de Iquitos y Sport Loreto, este último equipo con quien disputa el Clásico Iquiteño.

[4]​ José Pardo cuenta con su sede administrativa propia, y un complejo deportivo y social propio (con centro de convenciones, y campo de fútbol), ambas son céntricas instalaciones ubicadas en la ciudad de Iquitos (calle San Martín N° 357 y avenida Mariscal Cáceres esquina con la calle Alzamora, respectivamente).