Incluía la nueva versión 3.01 del sistema operativo TOS, que fue desarrollada hasta la 3.06 en esta máquina.

[1]​ Mantenía una gran compatibilidad con el software existente de la gama Atari ST e incorporaba nuevos modos gráficos además de los ya existentes en modelos anteriores (320x240 a 256 colores y 640x480 a 16 colores), visualizables en un monitor estándar VGA.

Esto hizo que por su veloz procesador y su gran escalabilidad fuera un producto muy atractivo en ámbitos diversos.

La CPU está ahora ubicada directamente en la placa madre, además la cubierta del disco duro ha sido cambiada mecánicamente, de modo que las cubiertas no son intercambiables entre revisiones.

Para ser útil, se tendría que haber diseñado un nuevo chip blitter de 32 MHz para el TT, sin embargo, Atari decidió no hacerlo.