Fundada en 2003, la organización trabaja en la sensibilización sobre la diversidad sexual, la atención en salud integral y el acceso a la justicia para personas LGBTIQ+.
[2] En 2014, la Asociación organizó la primera marcha del Orgullo LGBT en la capital de Honduras.
En 2006, la Asociación Arcoíris sufrió una serie de ataques que afectaron su labor y seguridad.
Debido a la creciente amenaza contra su seguridad, el director abandonó Honduras en diciembre de ese año y solicitó asilo en España.
[2] El siguiente año, el tesorero de la organización fue detenido arbitrariamente y violado por los policías.
A pesar de las amenazas y agresiones que ha enfrentado, Arcoíris ha mantenido una presencia activa en redes sociales, consolidando su papel como un referente en la lucha por los derechos humanos en Honduras.