Pero el caudillo guatemalteco Rafael Carrera fue rápido en su recuperación y para junio ya había cruzado la frontera para afrontarse de nuevo a su viejo rival Gerardo Barrios.
Viendo esto, el mismo Barrios va a Santa Ana y establece allí su cuartel general, pero regresa a la capital el 27 de junio y deja en cargo al general Hondureño José Trinidad Cabañas.
Mientras mando más emisarios a Carrera, principal entre ellos Manuel Gómez, no tuvo éxito.
Los asaltos eran cada vez más numerosos e incrementaban en ferocidad pero se vieron rechazados; los guatemaltecos tuvieron que cambiar sus tácticas y empezaron a atacar las casas y la Iglesia El Carmen donde se refugiaban los soldados de González, siendo encargado para asaltar las fortificaciones de la iglesia el Batallón Jutiapa, dirigido por el coronel Gregorio Solares, para mientras la Sección de Santa Rosa y los rifleros de Mataquescuintla se dirigieron al Barrio Santa Lucía bajo el mando del teniente coronel Fulgencio Morales.
[2] Al mediodía una columna guatemalteca ocupó un reducto pero 50 salvadoreños lo retomaron y rescataron dos bomberos que fueron llevados a la plaza pública.