El Arturo Prat fue fundado en el Cerro Alegre de Valparaíso por un grupo de estudiantes del Liceo Arturo Prat.
En 1919 ingresó a la Liga Esmeralda en donde también consiguió el título.
[1] En 1920 se trasladó a la Liga Valparaíso, donde militó en la división intermedia hasta 1923.
[1] El principal mérito de esta institución porteña fue el haber sido el primer club chileno en realizar una gira al exterior.
En la década de 1980, se afilió a la Asociación Osmán Pérez Freire.