No obstante, al comienzo de la Primera Guerra Mundial, Seyß-Inquart se alistó en el Ejército austrohúngaro y luchó en los frentes de Rusia, Rumanía e Italia; por todas sus participaciones en combate fue condecorado[4]​ en numerosas ocasiones.

Durante un permiso en Viena, en 1917, terminó sus estudios y se licenció como doctor en Jurisprudencia.

[4]​ Durante la Primera República Austríaca, estrechó lazos y contactos con el Frente Patriótico y en 1933, ya como un prestigioso abogado, fue invitado a integrarse en el gabinete del canciller austriaco Engelbert Dollfuß.

Inicialmente, no fue miembro del Partido Nacionalsocialista austriaco (Deutsche Nationalsozialistische Arbeiterpartei, DNSAP) a pesar de la simpatía de Seyß-Inquart por su ideología, especialmente en lo relativo a su ideología pangermanista y sus acciones.

No obstante, a comienzos de 1938, sin estar afiliado, ya se había convertido en una figura respetable dentro del movimiento nacionalsocialista.

En un primer momento Hitler había sopesado la posibilidad de una Austria independiente pero bajo un Gobierno leal a Alemania.

[12]​ Quedó al cargo de la administración civil del país,[13]​ respondiendo solo ante Hitler.

Apoyó el Movimiento Nacionalsocialista en los Países Bajos (NSB) e incluso le permitió la creación de una milicia paramilitar propia, el Landwacht, que actuó como fuerza de policía auxiliar.

[16]​ Por ejemplo, cuando en marzo de 1943 tuvo lugar una huelga general en las ciudades de Ámsterdam, Arnhem e Hilversum, en respuesta fueron llevados a cabo numerosos juicios sumarísimos especiales por una corte marcial.

En total, durante toda la guerra unos quinientos treinta mil civiles neerlandeses fueron enviados a Alemania como trabajadores forzados.

Cuando los aliados avanzaron sobre los Países Bajos en el otoño de 1944, el régimen nazi intentó llevar a cabo una política de "tierra quemada" y algunos diques y puertos fueron destruidos.

El Reichskommissar, sin embargo, compartía la opinión del ministro de Armamentos Albert Speer sobre la futilidad de esas medidas y en algunas ocasiones evitó que se llevasen a cabo.

El Tribunal Militar Internacional reunido en Núremberg para juzgar los crímenes cometidos por los dirigentes nazis le encontró culpable y fue condenado a morir en la horca.