Las aguas del arroyo Pergamino presentan elevadas cantidades de sales provenientes del suelo, a las cuales se le agregan sustancias volcadas por las industrias, especialmente a su paso por la ciudad de Pergamino.
Esos iones quedan en la superficie gracias a la evaporación del agua del subsuelo, y son levantados por el viento retornando al suelo y luego al arroyo arrastrados por las lluvias.
Debido a encontrarse en una región caracterizada por la explotación agropecuaria, el arroyo recibe también abonos y fertilizantes.
Además de la contaminación natural de las aguas por exceso sales del terreno, existe la contaminación antrópica, producida principalmente por desagües industriales, reservorios de basura y desagües cloacales clandestinos que vuelcan sus líquidos al arroyo.
El último proyecto, de 2009, cuenta con financiamiento del BID.