Los aislados parches de arrecifes de coral se producen hacia el norte del parque nacional Biscayne en cuanto a Stuart, en el Condado Martin.

Los arrecifes son de 5,000 a 7,000 años de antigüedad, habiéndose desarrollado desde que los niveles del mar subieron tras la glaciación Wisconsiana.

Las bahías y senos (todos entre los Cayos de la Florida y tierra firme) tienden a poseer una baja salinidad, mayor turbidez y las variaciones de temperatura más amplias que el agua en el océano abierto.

Los canales entre los Cayos permiten que el agua de las bahías fluya hacia los arrecifes (especialmente en los cayos céntricos), limitando su crecimiento.

Más hacia el mar, bordeando el Estrecho de la Florida está la segunda cordillera que forma los arrecifes exteriores, cubierta por arrecifes y duros bancos compuestos de escombros de coral y arena.