Comenzó su carrera como profesional en 2005 con el equipo Auber 93.
Además de en el ciclismo en ruta Arnaud Labbe es también un especialista del ciclocrós donde ha obtenido sus mayores éxitos compaginando esta modalidad con las carreras en ruta, llegando a ser tercero en el Campeonato de Francia de Ciclocross en varias ocasiones y ganar el Ciclocross de Igorre en 2004.
Tuvo que recalificarse como amateur en 2010 fichando por el equipo GSC Blagnac[1] con el que ganó el Gran Premio Ayuntamiento de Ispáster por segunda vez en su carrera.
Sin embargo, poco después, volvió a profesional debutando en mayo de 2010 con el equipo Cofidis, le Crédit en Ligne para paliar la salida de varios corredores del Cofidis.
En octubre de 2013 anunció su retirada del ciclismo tras nueve temporadas como profesional y con 36 años de edad.