En paralelo a su exitosa vida profesional y empresarial, estaba su tormentosa vida privada, casándose dos veces, la primera con Athina Mary Livanos, quien le dio dos hijos (Alexander y Christina Onassis), y la segunda con la ex primera dama de Estados Unidos, Jacqueline Kennedy, además de involucrarse en otros romances de alto perfil, tal como su relación con María Callas.

Su hijo heredero falleció con tan sólo veintitrés años de edad, su hija constantemente lo desafiaba y poco le faltó para perder su fortuna e imperio, debido a una alianza que decidieron pactar sus competidores, lo que logró rehuir gracias a la nacionalización del canal de Suez por parte del gobierno de Nasser en Egipto.

Falleció poco tiempo después, a causa del deterioro físico causado por su constante hábito de fumar habanos, lo cual le condujo a una neumonía, y por el desgaste que le implicó el estrés de sus últimos días.

Tras ser ocupada brevemente por Grecia entre 1919 y 1922, después de la victoria aliada en la Primera Guerra Mundial, la ciudad fue recuperada por Turquía y las propiedades de la familia Onassis se perdieron, forzándola a regresar a Grecia como refugiados.

Con los pocos ingresos obtenidos por especulación, pudo comprar ropas sofisticadas, y pasó a frecuentar la alta sociedad de Buenos Aires.

Al regresar a Buenos Aires con la ayuda de la familia Dodero registra su primera empresa naviera Astilleros Onassis.

Hacia 1932, Aristóteles se había convertido en un hombre de negocios que contaba con buques, petroleros y balleneros, por lo cual expande su empresa a nivel mundial creando una oficina en la ciudad de Nueva York.

Que la casa tuviera agujeros en el techo no tenía importancia alguna, si Rockefeller consentía en alquilarla; con eso le bastaba al prestamista».

En sus últimos años sufrió la enfermedad miastenia gravis; en una ocasión tuvo que salir con cintas adheridas a los párpados para poder ver.

Para muchos fue un matrimonio muy conveniente para Onassis, ya que aprendió el negocio naviero a costa de Livanos.

Onassis decidió casarse con Jacqueline Kennedy, viuda del expresidente de EE.

Además, siguiendo el estilo que tuvo en la Casa Blanca cuando era primera dama, cambió suntuosos y elaborados decorados por arreglos aún más costosos y a gusto de ella, haciendo desaparecer cualquier huella de María Callas en su residencia.

Jacquie pasaba la mayor parte del tiempo de compras y la vida era vacía para Onassis.

Pronto Onassis se fastidió de su cada vez más costosa esposa y volvió sus ojos a María Callas.

Aris ha dejado un vasto legado en sus emprendimientos navieros, así como el más importante, la creación de la Fundación Onassis,[5]​ promotora del comercio internacional al igual que de la cultura helénica en los jóvenes del mundo.