[3]​ Su acervo se formó originalmente con los fondos y colecciones documentales del AGA - Archivo General Administrativo (antecedente directo del actual archivo), más los documentos del Museo Histórico Nacional, así como otros de interés histórico provenientes de la administración central, entes autónomos, gobiernos departamentales y colecciones y archivos privados.

1880: Se decretó la creación del Archivo General Administrativo (AGA) con "un verdadero interés político y social" en tener concentrado en un solo lugar, y de manera organizada, la documentación de las oficinas públicas.

Posteriormente, en 1911 se anexó al Museo Histórico y la institución resultante de esta fusión se denominó "Archivo y Museo Histórico Nacional".

1922: Fue habilitado el actual edificio sede del futuro Archivo General de la Nación, en la calle Convención 1474.

[8]​ 2019: Fue habilitado el local Anexo del Archivo Judicial, reciclado especialmente -entre 2013 y 2017- con destino a archivo y equipado con estanterías metálicas a doble altura.

En el campo de la investigación y publicación, se continuó editando la colección "Archivo Artigas"[11]​ (actualmente en proceso el tomo 39).

Regula la función archivística del Estado y crea el "Sistema Nacional de Archivos".

[29]​[30]​ Las últimas memorias anuales del Archivo General de la Nación (2005-2019) se pueden consultar a texto completo en su sitio web.

Asimismo, el AGN ha organizado múltiples actividades como cursos, seminarios y congresos.

[48]​ La actividad tuvo un número restringido de asistentes y fue transmitida en vivo por streaming (vía Facebook), en atención a la emergencia sanitaria producida por la pandemia del coronavirus (COVID-19).