A diferencia de los archivos EXE, los COM tienen una estructura muy simple y almacenan en forma directa y lineal la imagen de memoria que será un programa.

En las versiones originales de MS-DOS no contenía metadatos, sólo código y datos, se cargaba en el desplazamiento 0x0100 de un solo segmento y se ejecutaba.

Es posible crear un fichero COM pesado que puedan ejecutar las dos familias de procesadores.

En sistemas, subsistemas y emuladores DOS más nuevos que MS-DOS, los ejecutables COM pueden contener el número mágico 0x4D0x5A que, en ASCII, simboliza los caracteres MZ, iniciales de Mark Zbikowski.

Los ficheros pueden tener nombres con extensión .COM pero no tener el formato descrito anteriormente, esto se sabe gracias a un número mágico al principio del fichero.