[5]​ El nombre «Aquila» tiene origen náhuatl y se interpreta como «aplanadores» o «bruñidores».

En época prehispánica, la región formaba parte de los dominios del reino mexica.

Hacia el siglo XVI, ya bajo la dominación española, se estableció en el pueblo una alcaldía mayor con el objetivo de recaudar tributos.

Esta situación se modificó hacia 1910, cuando la región adquirió estatus de municipio y la localidad se estableció como cabecera.

En menor escala se desarrolla la producción de maíz, frijol y ajonjolí.