Se caracteriza por una morfología helicoidal o espiralada, y también es una bacteria móvil gracias a la presencia de flagelos.
Originalmente fue clasificada como Aquaspirillum magnetotacticum (Maratea & Blakemore, 1981).
El hábitat típico de M. magnetotacticum consiste en agua dulce baja y sedimentos, caracterizados por la baja concentración de oxígeno necesarios para su crecimiento (microaerofilia) donde vive: en la porción superior del sedimento (zona de transición).
[cita requerida] La característica más peculiar es, probablemente, su capacidad de orientarse de acuerdo al campo magnético terrestre, una habilidad denominada magnetotaxia.
Ésta se produce gracias a la presencia en el citoplasma bacteriano de unos orgánulos especiales llamados magnetosomas.