[5]​ Su hábitat natural son las selvas húmedas y crecimientos secundarios maduros, generalmente en el denso sotobosque, en los bordes, a lo largo de cursos de agua o en clareras naturales en la selva.

Desde altitudes de colinas bajas hasta los 900 m de altitud, localmente pudiendo llegar hasta los 1050 m.[1]​ El mosquero pechileonado ha sido calificado vulnerable por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (IUCN) debido a que su ya pequeña zona de distribución ha sido severamente deforestada y fragmentada y su población, estimada en 6 000 a 15 000 individuos maduros, considerada decadente.

[1]​ La especie ocurre en el parque nacional Rincón de la Vieja, en la estación biológica La Selva y, potencialmente, en el parque nacional Braulio Carrillo en Costa Rica y en la reserva biológica Indio Maíz en Nicaragua.

El Rancho Naturalista, en Turrialba, Costa Rica, es una posada ecoturística donde la especie recibe protección bajo las actuales prácticas de gerenciamiento.

[3]​ El nombre genérico masculino «Aphanotriccus» se compone de las palabras del griego «aphanēs» que significa ‘oculto, obscuro’, y «τρικκος trikkos»: pequeño pájaro no identificado; en ornitología, triccus significa «atrapamoscas tirano»; y el nombre de la especie «capitalis», en latín significa ‘capital’, ‘relativo a la cabeza’.