[3]​[4]​ Rubio se licenció en Periodismo por la Universidad Autónoma de Barcelona (UAB) y, posteriormente, se doctoró por la Universidad Complutense de Madrid (UCM) con la tesis doctoral "Periodistas españoles en la guerra del Rif (1921-1923): Origen del Periodismo de Investigación en España".

[6]​[7]​ En 1981, comenzó a trabajar en la revista Interviú, en donde permaneció hasta 1989, cuando se trasladó al semanario Cambio 16 como redactor jefe.

Ese mismo año, también fundó y comenzó a dirigir el Master en Periodismo de Investigación, Datos y Visualización de El Mundo realizado con la Universidad Rey Juan Carlos (URJC).

[21]​ Fue director de estos dos Masters hasta 2021, cuando fundó y comenzó a dirigir el Máster de Investigación Periodística, Nuevas Narrativas, Datos, Fact-Cheking y Transparencia de la URJC y la Fundación Maldita.es, junto con el investigador Manuel Gertrúdix Barrio.

En 1994, el equipo de investigación que creó y dirigió en El Mundo fue reconocido por el Club Internacional de Prensa al mejor trabajo periodístico en prensa,[26]​ y un año después, en 1995, recibió el premio León Felipe.