Fue obispo castrense de Argentina, desde 2002 hasta su renuncia en 2007, siendo removido del cargo en 2005 por su crítica al Gobierno argentino por su posición a la política sanitaria oficial, principalmente en cuestiones referidas al aborto.
[1]Fue acusado por distintos presos políticos que habían pasado por los centros de detención clandestinos por su complicidad junto con parte de la jerarquía eclesiástica con la última dictadura militar.Durante la dictadura coloboro para que una isla en la zona del delta perteneciente al Obispado se convirtiera en un centro de detención clandestino para la Armada.
Ya con la llegada de Massera al poder el dictador iniciaría contactos con el Vaticano para promover a Basseoto en nuevos cargos.
[3] Realizó un programa en la televisión local, en el que fue acusado de antisemitismo: en particular, en 1986, declaró que «la mayoría de los judíos argentinos son muy devotos, tienen muchos valores y a menudo muchos principios morales pero sólo para las grandes empresas: si la pornografía es un buen negocio, el judío vende pornografía, si las drogas son un buen negocio, el judío vende drogas», y que «la difusión de la cultura está en manos de los judíos que destruyen los cimientos de la civilización y la cultura nacional».
El 18 de febrero de 2005, envió una carta al Ministro de Salud Ginés González García Como sugiriendo que al ministro se le debe dar el mismo trato que a los dictadores argentinos, utilizados contra sus adversarios, arrojándolos desde aviones al océano.
Antes, Baseotto había descalificado al Islam con conceptos similares a los utilizados contra los judíos.
[11]Debido a las polémica antisemitas, los ataques al islam y las posiciones discriminatorias y las amenazas al Ministro de Salud el Gobierno argentino, en marzo de 2005 se vio obligado a dejar sin efecto su nombramiento episcopal.