En el Colegio Real de Angulema estudió Matemáticas y Física, estudios que continuó al volver a España en 1845.

En 1851 fue nombrado Director del Real Observatorio de Madrid,[2]​ institución de la que es virtualmente fundador, debido a sus trabajos científicos y sus esfuerzos por mejorar sus instalaciones, en deplorable estado tras la invasión francesa.

Antonio Aguilar se vio obligado a adquirir todos los instrumentos necesarios para su funcionamiento, así como a preparar al personal que se encargase de su manejo y puesta en estación.

Tras recuperar el cargo, en 1872, es nuevamente amenazado, por lo que el Observatorio pierde su autonomía y pasa a depender de la Universidad Central.

En este congreso, Antonio Aguilar -junto a Karl Jelineck- sienta las bases de la meteorología internacional organizada.