Después de estudiar Derecho se dedicó al piano, un instrumento que practicó desde su infancia.
Cuando este murió en 1791, Eberl compuso la cantata funeraria Bey Mozarts Grab (La tumba de Mozart).
Lamentablemente, las composiciones de este período se perdieron.
De vuelta a Viena, su ópera La Reina de las Islas Negras fue un fracaso, aunque Franz Joseph Haydn defendió constantemente su obertura.
Creó entonces una de sus sinfonías más exitosas, en mi bemol mayor (op.