Hacia 1482 o 1483 la carabela portuguesa, capitaneada por Diogo Cão alcanzó la desembocadura del río Congo, e hizo una visita al manicongo Nzinga Nkuwu (luego llamado João I) en M'Banza Kongo, ciudad fundada ese mismo año y por aquel entonces capital del Reino del Congo, convenciéndole de que abriese su país a los portugueses, país bajo el reinado de Juan II.

Cao volvió a Portugal, llevando distintos emisarios del reino africano.

[2]​ Fue elevada al estatus de catedral en 1596, ya bajo el rey Álvaro II del Congo.

En los primeros años del siglo XVIII, el mismo Pedro IV del Congo, envió colonos a ocupar la antigua capital ahora abandonada, pero no fue sino hasta 1705 cuando se estableció una población permanente en la ciudad, con los seguidores de la líder religiosa Beatriz Kimpa Vita, líder de la herejía antonianista, quien se instaló en los restos de la catedral y los convirtió en su residencia.

La ciudad fue restablecida como capital del Reino por Pedro IV en 1709, pero la catedral, ya en ruinas, no fue rehabilitada.