Según la acusación fiscal que llevó a su posterior condena, durante la reconquista de Krajina y bajo sus órdenes, soldados croatas asesinaron civiles, incendiaron aldeas y dispararon contra los que huían sin que el general hiciera nada por impedirlo, en un «intento premeditado de eliminar a la población serbia de Krajina».

Tras esconderse durante dos años, en 2003 reconoció la jurisdicción del TPIY en unas declaraciones que concedió al semanario croata Nacional, donde pidió que investigadores del tribunal lo interrogasen primero en Zagreb y prometió que se entregaría si se cumplía esa condición y si después de escuchar sus respuestas el TPIY aún seguía incriminándolo.

[4]​ Posteriormente fue trasladado a La Haya (Países Bajos), donde se encuentra la sede del Tribunal.

A finales de 2006 al caso Gotovina se unieron los casos contra Ivan Čermak, que resultaría absuelto, y Mladen Markač, condenado a dieciocho años de prisión en relación con los mismos hechos (la Operación Tormenta).

[6]​ Como abogados de Gotovina actuaron el estadounidense Greg Kehoe y el croata Luka Misetic.