La correspondencia que intercambió en ese período con su primera mujer Maria José Lobo Antunes, cuando esta se encontraba embarazada de su primera hija, la recogieron posteriormente sus hijas Maria José Lobo Antunes y Joana Lobo Antunes en Cartas de la guerra, que dio lugar a una película homónima dirigida por Ivo Ferreira.

Después de cumplir su servicio militar, Lobo Antunes se especializó en psiquiatría, cuya práctica ejerció durante algunos años en el Hospital Miguel Bombarda hasta que la abandonó por completo para centrarse en la literatura.

Su primer libro publicado fue Memoria de elefante (1979), que se convirtió en un fenómeno literario.

Tiene una biblioteca con su nombre en Nelas, municipio donde su padre proyectó y construyó una casa en los años cuarenta.

Nota: la mayoría de obras las tradujo Mario Merlino, por lo que se lo citará abreviadamente como MM.