El espécimen tipo MDT-PV 1/48, descubiertos en la formación Bajo Barreal, consta de una extremidad posterior derecha articulada, que incluye el fémur, peroné, tibia y el pie.

El nombre de la especie hace honores a Charles Darwin, quien visitara la Patagonia entre 1832 y 1833 en su viaje alrededor del mundo en el Beagle.

[2]​ Martínez y Novas (2006) originalmente asignadas a este género del clado Coelurosauria basado en características anatómicas presentes en los miembros posteriores.

[2]​ Aniksosaurus exhibe algunos de los rasgos derivados que se encuentran en Coelurosauria, tales como (a) ilion tiene una fosa cuppedicus bien desarrollada; (b) el fémur posee una trocánter anterior que se proyecta proximalmente, casi alcanzando el nivel de la cabeza articular; (c) el trocánter mayor se expande cráneocaudal; (d) la cabeza femoral es en parte craneal de forma rectangular; (e) y el eje del peroné es craneocaudal estrecha.

[3]​ Los taxones de terópodos se han interpretado como gregaria son Coelophysis bauri,[6]​ Syntarsus rhodiensensis,[7]​ Albertosaurus sarcophagus[8]​ y Sinornithomimus dongi.

Este ejemplar se encuentra en la colección del Museo Regional Desiderio Torres, en Sarmiento, Chubut, Argentina.

Los restos de al menos cuatro individuos más, en 2006 han sido asignado como paratipos, fueron descubiertos en el sitio.