El Alcalde de Iquitos, también llamado oficialmente Alcalde de Maynas, es el jefe ejecutivo del gobierno de Iquitos.

La oficina del alcalde administra todos los servicios de la ciudad, y hace cumplir todas las leyes del país y la ciudad dentro de Iquitos.

La sede de la alcaldía está ubicada en la Municipalidad Provincial de Maynas.

El 9 de noviembre de 1897 se escindió de su territorio un nuevo Departamento de San Martín por lo que la sede fue trasladada a Iquitos en esa misma fecha.

En el Perú, los alcaldes son elegidos mediante voto universal y secreto desde el año 1963, interrumpiéndose dichas elecciones entre 1969 y 1979.