Trabajó en Roma y después se trasladó a Venecia, donde publicó su Primer libro de madrigales a cinco voces (1579),[1] al que le seguirán otros en 1589 y 1594.
[5] En sus obras sacras Rota mostró la influencia de Cipriano de Rore, en cuya música se basa para componer tres misas parodia: Qual è più grand'amore, Non mi tolga il ben mio y En voz à Dieux (esta última quedó inédita a su muerte).
En la música secular, sin embargo, se inspiró en la música de la corte de Ferrara y usó un estilo más libre y rico en disonancias.
Rota puso música a versos de poetas como Cesare Rinaldi (quien le dedicó un soneto) o Petrarca.
[2] Aparte del gran aprecio que sintieron por él sus contemporáneos, Rota influyó en algunos músicos posteriores, como Ottavio Vernizzi.