Fue ordenado sacerdote en 1622 y asignado a la parroquia San Casimiro en Vilna.

A partir de mediados de 1650, fue destinado a Pinsk (hoy en Polesia, Bielorrusia) donde predicaba para convertir a los ortodoxos al catolicismo, con notable éxito, lo que motivó que fuese perseguido y en 1657, para acallar su ministerio fue brutalmente torturado por dos cosacos, arrastrado, arrancada su piel y dado muerte el día 16 de mayo.

Según la tradición cristiana, su cuerpo permaneció colgado varios días, sin dar síntomas de descomposición.

En 1719, un equipo médico igualmente declaró que el cuerpo estaba incomprensiblemente incorrupto.

Actualmente, después de diversas vicisitudes el cuerpo incorrupto de San Andrés Bobola está enterrado en el santuario elevado para su veneración en Varsovia, en la calle Rakowiecka.