Hizo su debut en Grandes Ligas en 2005 con los Mets de Nueva York.Fue firmado como amateur a los 18 años por los Tigres de Detroit en 2001.En las ligas menores, Hernández mostró poca paciencia con un alto porcentaje de ponches típico de un adolescente y no llegó a Single-A hasta el año 2004.En su primera temporada, bateó .264/.303/.389 con 34 bases robadas en apenas 216 turnos al bate.En 2002, jugando en el nivel High-A, mostró poca habilidad de bateo, bateando sólo .259/.310/.339.Después de batear .295 con 11 carreras impulsadas en 100 veces al bate, fue enviado al equipo Doble-A Erie SeaWolves, donde bateó para .274 con cinco jonrones, 29 carreras impulsadas, y 17 bases robadas.Después de esa temporada, fue cambiado a los Mets de Nueva York a cambio del receptor Vance Wilson, quien se había convertido en prescindible después de que los Mets firmaran a Ramón Castro.
