En contra del análisis cuantitativo (que utilizan, por ejemplo, los programas informáticos SPSS o SAS) que se basa en un número significativamente elevado de casos, y del análisis cualitativo que utiliza una muestra reducida pero sin modelización ni sistematización, el ACCC moviliza a la vez un número reducido de casos de estudio utilizando al mismo tiempo un programa informático de formalización.
Por ejemplo, si hubiera cuatro variables categóricas de interés, {A, B, C, D}, y A y B fueran dicotómicas (podrían tomar dos valores), C podría tomar cinco valores y D podría tome tres, entonces habría 60 posibles tipos de observaciones determinadas por las posibles combinaciones de variables, no todas las cuales necesariamente ocurrirían en la vida real.
Este conjunto reducido de inferencias se denomina "implicados principales" por los adherentes al QCA.
Para establecer que las implicaciones principales o las inferencias descriptivas derivadas de los datos por el método QCA son causales, se requiere establecer la existencia de un mecanismo causal utilizando otro método, como el rastreo del proceso, la lógica formal, las variables intervinientes o el conocimiento multidisciplinario establecido.
Al maximizar el número de comparaciones que se pueden hacer en los casos investigados, las inferencias causales son posibles según Ragin.
Un segundo problema relacionado es que la técnica no permite una evaluación del efecto de las fuerzas relativas de las variables independientes (ya que solo pueden tener dos valores).
[5] Chris Krogslund, Donghyun Danny Choi y Mathias Poertner demuestran más que los resultados de QCA son muy sensibles a los pequeños cambios paramétricos y de susceptibilidad del modelo y son vulnerables al error tipo I.
Por ejemplo, la existencia de una inferencia o implicación descriptiva está respaldada determinísticamente por la ausencia de cualquier caso de contraejemplo a la inferencia; es decir, si un investigador afirma que la condición X implica la condición Y, entonces, determinísticamente, no debe existir ningún caso de contraejemplo que tenga la condición X, pero no la condición Y.