Alpuyeca se inició con un promedio de 15 habitantes, en aquel entonces era una pequeña tribu formada por 5 familias, que tenían como religión la Azteca, pero a la llegada de los españoles hicieron que estos cambiaran su religión Azteca por la Cristiana o más conocida como la Católica.
El agua salobre del río que atraviesa este pueblo justifica la etimología.
La flora está constituida por: selva baja cadúfila, de clima cálido: cazahuate, huizache, amates, órganos, protegidos ecológicamente, jacarandá, ceiba y bugambilia.
En lo que respecta a esta y debido a la sobrepoblación, algunas especies han sido extinguidas, como el venado cola blanca, coyote y algunas en peligro de extinción que aún viven en nuestro medio como la zarigüeya o tlacuache, armadillo, zorrillo y murciélago, en lo que se refiere a las aves, zopilote, chachalaca, urraca, gorrión, jilguero, lechuza blanca, tórtola, halcón codorniz, gavilán, paloma; de arácnidos encontramos tarántulas y alacranes.
En cuestión de insectos no podemos dejar de mencionar a este peculiar animalito llamado xumil o jumil, el cual aun sirve para alimento, como lo fue para nuestros antepasados.