La primera es que era un arma de recaudación de fondos del Segundo Frente Nacional del Escambray (SFNE), grupo guerrillero liderado por Eloy Gutiérrez Menoyo que planeaba actividades guerrilleras en Cuba.

Dicha tradición apunta que tanto Gutiérrez y otros miembros del SNFE, como Antonio Veciana, fueron sus fundadores.

Posteriormente mantuvo que se le ocurrió cuando vio un cartel de la gasolinera Philips 66.

[9]​ Alpha 66 tuvo varios fundadores, entre ellos Eloy Gutiérrez Menoyo, que cumplió veinte años en una prisión cubana por actividades contrarrevolucionarias, y Antonio Veciana.

[12]​ La organización se dedicó a actividades militares dentro de Cuba dirigidas desde Estados Unidos.

La agrupación fue infiltrada por José "El Chino" Fernández Santos,[13]​ un "topo" del gobierno cubano quien fotografió numerosas reuniones de Alpha 66, en la cual se convirtió en capitán.

En 1976, el teniente Thomas Lyons y el detective Raúl J. Díaz, de la Policía de Miami, testificaron que varios grupos, incluido Alpha 66, tenían conexiones terroristas internacionales y habían vendido $100 en "bonos" en Miami para ayudar a financiar su "causa".

El grupo fue ligado a una serie de atentados explosivos y asesinatos en Miami durante los '70s dirigidos por una serie de líderes anticastristas, con métodos terroristas dirigidos contra partidarios comunistas o los que el grupo decía que lo eran.

Ningún miembro de Alpha 66 fue condenado por estos crímenes, mientras que otros grupos terroristas como Omega 7 y CORU estaban activos en Miami al mismo tiempo.

Actualmente Alpha 66 ha abierto una sede legal en Madrid, España, violando todo marco del Derecho Internacional.

[20]​ Alpha 66 ya no cuenta con patrocinador alguno, o siquiera algún cabecilla relevante que comande el grupo.

[1]​ El grupo se ha mantenido inactivo desde inicios de los años 2000´s limitándose a lanzar comunicados.