[1] Varios años después contraería matrimonio con Juana de Godoy.
[2][3] El 24 de abril de 1580, por real provisión dada por el rey Felipe II, fue designado como alcalde mayor de San Salvador;[3] asimismo el monarca español emitió otras cuatro reales cédulas, en la primera en la primera se le da permiso para trasladarse a San Salvador y llevar tres esclavos, en la segunda es para que los oficiales reales de Sevilla lo dejasen pasar al reino de Guatemala (donde se encontraba la alcaldía mayor de San Salvador) con cuatro criados, en la tercera se le da permiso para llevar armas (específicamente, seis espadas, seis dagas, seis arcabuces, seis montantes y dos de las demás armas de cada género), y la cuarta es para que se le permita hacer el viaje al Virreinato de Nueva España.
[1] Durante su mandato en San Salvador, Nava sufrió un atentado, cuyo hechor sería sentenciado el 9 de diciembre de 1585 a pagar 1000 ducados y a servicio de galera.
[1] Nava sería depuesto de su cargo por violencia y abusos contra los indígenas.
[1] Posteriormente se trasladaría a Santiago de Guatemala, donde en 1586 el doctor Alonso Elix de Casso lo ejecutaría por cierta deuda que le tenía.