Mondéjar compuso Magnificat a tres voces (E-Bbc 454), motetes y canciones.
Ave sanctissimum et gloriosum corpus (E-Mp 1335; E-Bbc 454), del que encontramos una versión distinta en la tradición portuguesa, atribuyendo su autoría a Gabriel Díaz Besson (E-TZ 2/3).
Son doce las adscritas a Mondéjar, y están recogidas en el Cancionero musical de Palacio (E-Mp 1335).
Las únicas excepciones son el villancico titulado Oyan todos mi tormento (a 4 voces), y No desmayes, coraçon (estribillo de dos versos).
Estas canciones fueron incluidas en dicho cancionero en el año 1515 (séptima incorporación), según Josep Romeu Figueras.