En 1968, Klein conoció por casualidad a John Lennon durante el rodaje del The Rolling Stones Rock and Roll Circus.
Sin embargo, con la pérdida de Epstein, también se fueron personajes como el editor musical Dick James y el asesor financiero Walter Strach.
Hacia 1969, la compañía Apple Records pasaba por una difícil situación económica, y la banda ya estaba a punto de separarse.
[2] Fue ahí cuando Lennon contrató a Klein y lo llamó para hacerse cargo de los negocios del grupo.
Con Lennon elaboró el filme Imagine en 1971 y ayudó a George Harrison con la organización del The Concert for Bangladesh, aunque esto también terminaría en problemas, ya que ni el propio Harrison supo cuánto dinero se envió a los refugiados, y con cuánto se quedó Klein.
Se retiró del negocio de la música, y falleció en 2009 debido al alzhéimer que sufría.