El nombre "Alianza" se debe a la unión entre los disidentes de los clubes Juventud Unida y Cutral-Có.
Además, es el único equipo de su provincia en haber disputado un encuentro de Primera División,[5] cuando al resultar ganador del Torneo Regional 1985[6] se clasificó a la Liguilla Pre-Libertadores donde fue derrotado por Boca Juniors.
[11][12] En la Liguilla Pre Libertadores se enfrentó en primera fase a Boca Juniors.
Ya en La Bombonera, "el celeste" cayó por el mismo resultado y allí terminó su participación.
Allí terminó tercero, a un punto de la clasificación, con tres victorias y un empate.
[19] Al año siguiente lo disputó nuevamente, y obtuvo el mismo resultado, compartiendo esta vez la zona con Independiente de Bariloche, además de los dos mismos elencos del año anterior.
A diferencia del equipo "albirrojo", el celeste tuvo que jugar un play-off ante Atlético Santa Rosa.
En la siguiente etapa integró un pentagonal con Cipolletti, Deportivo Patagones, Villa Mitre de Bahía Blanca y Cultural Argentino de General Pico, donde terminó penúltimo y quedó eliminado.
[21] En 1995 participa nuevamente de un certamen nacional, esta vez, en el estreno del Torneo Argentino B.
Para el Torneo Argentino B 2004/05, el club fue uno de los 48 equipos invitados por el Consejo Federal a tomar parte, ya que se decidió implementar una reestructuración en el certamen tras la futura inclusión de una quinta categoría, el Torneo del Interior.
El descenso no fue tan grave ya que para el siguiente torneo fue invitado nuevamente a participar.
[25] En esta segunda participación, el equipo tuvo mejores resultados y se salvó del descenso.
En el 2012 se produce una nueva ampliación en el Torneo Argentino B, expandiéndose a 100 equipos, regionalizándose.