En la temporada 2006-07, firma como entrenador del Atlético de Madrid B.
Durante este periodo en la máxima categoría del fútbol española, colaboró con el entrenador de la primera plantilla que era José Luis Mendilibar.
En la temporada 2009-10, se convierte en entrenador del CD Tenerife B.
[2] Dirigió un único encuentro, siendo derrotado por 2-0 ante el Xerez CD, y fue relevado por Juan Carlos Mandiá.
[3] Desde 2011 a 2020, Merino desempeñó funciones como Director de Captación Nacional y adjunto a la dirección deportiva en el Real Madrid CF, entidad en la que trabajó en dos etapas diferentes.