Alfonso Domínguez debutó profesionalmente en el año 1985, jugando en el Club Atlético Peñarol, donde permaneció hasta el año 1992.

Entre ese año y 1993 jugó en el Club Atlético River Plate de la Primera División del Fútbol Argentino.

Luego volvería a Uruguay para jugar en el tradicional rival de su primer equipo, el Club Nacional de Football, del cual formó parte entre 1994 y 1996.

Su carrera profesional finalizaría en el año 2000, jugando para el Club Social y Deportivo Huracán Buceo.

Llegó a jugar un total de 31 partidos, para las Eliminatorias CONMEBOL de la Copa Mundial de la FIFA Italia 1990, la mencionada Copa Mundial, la CONMEBOL Copa América de Argentina 1987 (en la que Uruguay se consagró campeón), y la CONMEBOL Copa América de Brasil 1989.