En 1995, tras finalizar la pasantía fue destinado como fiscal en la Unidad Territorial Autónoma de Gagaúzia.

En 2006 intentó postularse a Gobernador de Gagaúzia, obteniendo únicamente el 10,58 % de votos, por lo que no calificó para la segunda vuelta.

En 2014, preguntado por el referéndum sobre el estatus político de Gagaúzia de 2014 a sabiendas de sus posturas prorrusas, respondió respeto la decisión del pueblo gagaúzo, aunque no reconoció los resultados.

Para las elecciones parlamentarias de Moldavia de 2014, Stoianoglo no estuvo en las listas del Partido Demócrata, lo que le llevó a abandonar el partido e intentar postularse nuevamente como independiente para gobernador de Gagaúzia, obteniendo únicamente el 4,98 % de los votos, lo que le volvió a dejar fuera de la segunda vuelta.

En 2023, el Tribunal Europeo de Derechos Humanos reconoció que Alexandru Stoianoglo había visto violados sus derechos a un juicio justo en algunas de las causas llevadas contra él entre 2021 y 2023.