Tras 1855, y con la notoria insatisfacción de los whigs del Sur hacia sus correligionarios de los estados del Norte, Stephens se unió tácitamente a los Demócratas y junto a ellos trató de mantener una constitución pro-esclavista en Kansas pero sin éxito.

El 21 de marzo del mismo año Stephens pronunció un celebrado discurso en Savannah (Georgia) declarando que la piedra angular en la que se apoyaba la Confederación era: «la gran verdad de que el negro no es igual al hombre blanco; que la esclavitud -subordinándose a una raza superior- es su natural y normal condición.

Así, nuestro nuevo gobierno es el primero, en la historia del mundo, basado en esta gran verdad física, filosófica y moral» Las palabras de Stephens apoyaron así la propaganda unionista, alegando que la causa básica de la secesión era económica (seguir lucrando con la esclavitud) y no moral ni ideológica.

Él dirigió la comisión a la Junta de Hampton Roads (1865).

Después de la guerra, Alexander Stephens fue encarcelado en Boston pero solamente por cinco meses.