Allí jugó al fútbol americano donde llevó al equipo a lograr un récord de 25-1, ganando dos campeonatos San Diego CIF, siendo nombrado Primer Equipo All-Conference y All-County.

Smith fue seleccionado por los San Francisco 49ers en la primera ronda (puesto 1) del draft de 2005.

[4]​ El 18 de noviembre en un partido frente a los Houston Texans, sufrió un sack que le provocó una fractura de fíbula y tibia que terminó su temporada y amenazó su carrera.

Regresó durante la Semana 5 en la derrota ante Los Angeles Rams, sustituyendo a Kyle Allen que había salido lesionado, esto sucedió nuevamente en la Semana 9, esta vez en la derrota 23-20 ante los New York Giants; durante el encuentro Allen sufrió una fractura de tobillo que lo marginó el resto de la campaña, por lo que Ron Rivera nombró a Smith como titular.

La semana siguiente vencieron a su antiguo equipo, los San Francisco 49ers, pero salió lesionado.