De 1999 a 2000, se desempeñó como director general del Baltic Pipeline System.[7] Miller reemplazó así a Rem Vjachirev de su cargo e inició una reestructuración restrictiva del grupo.La revista Forbes lo incluyó entre las personas más poderosas del mundo por primera vez en 2013.[18] Tras la invasión rusa de Ucrania en 2022, Miller fue sancionado por el gobierno británico, lo que implicó congelar sus activos y prohibirle viajar al país.[20] En los días posteriores Gazprom redujó el volumen de gas que llega a Italia en un 15 % —Aunque Italia sitúa esta reducción en un 50 %— y a Alemania inicialmente en un 40 % a través del Nord Stream y, al día siguiente, otra adicional del 33 %,[21] en este último caso Gazprom adujo razones técnicas para justificar esta reducción.[24] En diciembre de 2005, fue nombrada Persona del Año por la revista Expert, el influyente semanario empresarial ruso.
