En 1989 comenzó su carrera en el Dinamo Zagreb, club en el que jugó seis temporadas conquistando una liga y una Copa de Croacia.

La siguiente temporada Peternac, marcado por las lesiones, bajó considerablemente sus registros anotadores, aunque el Real Valladolid consiguió, por tercera vez en su historia, clasificarse para una competición europea, la Copa de la UEFA.

Ante su negativa a renovar contrato con el club vallisoletano, fue marginado del equipo durante la temporada 1999/00, tras la cual, fichó por el Real Zaragoza.

Sin embargo, tras el cese de su valedor, Juan Manuel Lillo, Peternac apenas contó para el nuevo técnico zaragocista, Luis Costa.

Aunque ese año el club conquista la Copa del Rey, Peternac sólo se alineó en nueve partidos de liga, en los que no anotó ningún gol.